Bioinformatika

„Amikor elkezdtünk a genetikában tevékenykedni, egy biogyógyszerészeti társaság – az új Amgen – akartunk lenni. Aztán láttuk, hogy a hatalom az információban van, és úgy döntöttünk, egy információra alapuló társaság leszünk.”

Randy Scott elnök-vezérigazgató,
Incyte Pharmaceuticals

Fontosabb linkek

Fermentas
Promega
Primer tervezés a neten

Néhány kiadó és molekuláris biológiai, orvosi folyóirat www címe

http://www.bioinfo.pte.hu/f1/t4.htm

Keresés Scirus oldalán

http://www.sciencedirect.com/scirus/

Scirus is the most comprehensive scientific research tool on the web. With over 450 million scientific items indexed at last count, it allows researchers to search for not only journal content but also scientists’ homepages, courseware, pre-print server material, patents and institutional repository and website information.


Keresés az NCBI (National Center for Biotechnology Information) oldalán

(Az NCBI oldalán találjuk a Pubmed adatbázist)

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Keresés az AGRICOLA (AGRICultural OnLine Access) oldalán

(AGRICOLA is a bibliographic database of citations to the agricultural literature created by the National Agricultural Library (NAL))

http://agricola.nal.usda.gov/


Entrez, The Life Sciences Search Engine

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery


GeneDB website

http://www.genedb.org/


Search Ensembl

http://www.ensembl.org/


Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://www.yeastgenome.org/


Broad Institute ( Fungal Genome) – Gombák nukleinsav, és feh.szekvencia kereső oldala

http://www.broad.mit.edu/node/568

NEBcutter V2.0
(Restrikciós endonukleázok hasítási helyeinek keresése egy szekvencián)

http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

ClustalW2
(ClustalW is a multiple sequence alignment routine available online at the EBI website)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

Biology WorkBench SDSC (San Diego Supercomputer Center)
(Használat előtt regisztrálni kell, kb. 10mp)

http://workbench.sdsc.edu/

Linkajánló

 

BIOinformatika
Bevezetés a bioinformatikába – Putnoky Péter jegyzete a Pécsi Tudományegyetem Természettudományi Karának “Bioinformatika a molekuláris biológiában” című kurzusához. Tovább az oldalra >>

Bevezetés a bioinformatikába
Szilágyi András jegyzete. Tovább az oldalra >>

Néhány feladat a bioinformatika gyakorlatra való felkészüléshez
(Semmelweis Egyetem Orvosi Biokémia Intézet)
Az egyik, a tuberkulózis diagnosztikájáról szóló publikációban a következő szekvenciájú primereket
használták:

Forward primer: 5’-CAC ATG CAA GTC GAA CGG AAA GG-3’
Reverse primer: 5’-GCC CGT ATC GCC CGC ACG CTC ACA-3’

A/I. Vajon csak a tuberkulózis ad pozitív tesztet ezzel a primerpárral? Tovább az oldalra >>
(Ha nem működik a link akkor innen tölthető le.)

Fogalmak

(forrás: Bioinformatika gyakorlat Dr. Hegedűs Attila, egyetemi docens,teljes anyag itt v. itt tekinthető meg)

Ortológ gének: más fajokban levő, ugyanazon funkciót ellátó gén, amely a fajok egyik közös ősének génjéből vezethető le. Az ortológ gének evolúciós rokonságban vannak. Példa: az önmeddőséget okozó S-ribonukleáz gén almában és dohányban.

Paralóg gének: ugyanabban az organizmusban találhatóak, és egy közös ős-génből génduplikáció, és azt követő divergens evolúció útján alakultak ki. Többnyire különböző, de egymással összefüggésben lévő funkciójuk van. Példa: a hisztidin-bioszintézis enzimei (ill. ezek génjei) emberben (nagyon hasonló szerkezetűek, de más-más reakciót katalizálnak).

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Felhasználása: Ismeretlen nukleotidszekvenciához (DNS, cDNS vagy mRNS) hasonló, azzal homológ szekvenciák keresése (illesztése) az adatbázisban! A BLASTn-nel végzett keresés eredményeként olyan találatokat kapunk, amelyek az
adatbázisban található génszekvenciák közül szignifikáns hasonlóságot mutatnak az általunk megadott keresőszekvenciával.

e-érték
Az e-érték azt adja meg, hogy az egyezés (lásd BLAST) milyen valószínűséggel tekinthető a véletlen művének, és nem valamilyen evolúciós kapcsolat jelének. Minél nagyobb az e-érték, annál valószínűbb, hogy az egyezés csak a véletlen műve. A biológiai értelemben szignifikáns szekvencia-hasonlóságok esetében az e rendszerint jóval 1,0 alatt marad.

Homológia = közös evolúciós eredet (szekvenciák esetében). Nincs mértéke (nem fejezhető ki %-ban!), két szekvencia vagy homológ, vagy nem.

Analógia: közös evolúciós eredet nélküli hasonlóság.

Szekvenciák illesztése, összerendezése (Alignment)
Szekvencia-illesztés („alignment”): két vagy több nukleotid- vagy aminosav-szekvencia olyan elrendezése, amely megmutatja, hogy az összehasonlított szekvenciák hol hasonlítanak, illetve hol különböznek egymástól.

Share This:

 
Loading Facebook Comments ...

Leave a Comment