„Amikor elkezdtünk a genetikában tevékenykedni, egy biogyógyszerészeti társaság – az új Amgen – akartunk lenni. Aztán láttuk, hogy a hatalom az információban van, és úgy döntöttünk, egy információra alapuló társaság leszünk.”

Randy Scott elnök-vezérigazgató,
Incyte Pharmaceuticals

Fontosabb linkek

– Fermentas
– Promega
– Primer tervezés a neten

Néhány kiadó és molekuláris biológiai, orvosi folyóirat www címe

http://www.bioinfo.pte.hu/f1/t4.htm

(AGRICOLA is a bibliographic database of citations to the agricultural literature created by the National Agricultural Library (NAL))

http://agricola.nal.usda.gov/

Entrez, The Life Sciences Search Engine

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery

GeneDB website

http://www.genedb.org/

Search Ensembl

http://www.ensembl.org/

Saccharomyces Genome Database (SGD)

http://www.yeastgenome.org/

Broad Institute ( Fungal Genome) – Gombák nukleinsav, és feh.szekvencia kereső oldala

http://www.broad.mit.edu/node/568

NEBcutter V2.0
(Restrikciós endonukleázok hasítási helyeinek keresése egy szekvencián)

http://tools.neb.com/NEBcutter2/index.php

ClustalW2
(ClustalW is a multiple sequence alignment routine available online at the EBI website)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw2/index.html

Biology WorkBench – SDSC (San Diego Supercomputer Center)
(Használat előtt regisztrálni kell, kb. 10mp)

http://workbench.sdsc.edu/

Linkajánló

BIOinformatika
Bevezetés a bioinformatikába – Putnoky Péter jegyzete a Pécsi Tudományegyetem Természettudományi Karának “Bioinformatika a molekuláris biológiában” című kurzusához. Tovább az oldalra >>

Bevezetés a bioinformatikába
Szilágyi András jegyzete. Tovább az oldalra >>

Néhány feladat a bioinformatika gyakorlatra való felkészüléshez
(Semmelweis Egyetem Orvosi Biokémia Intézet)
Az egyik, a tuberkulózis diagnosztikájáról szóló publikációban a következő szekvenciájú primereket
használták:

Forward primer: 5’-CAC ATG CAA GTC GAA CGG AAA GG-3’
Reverse primer: 5’-GCC CGT ATC GCC CGC ACG CTC ACA-3’

A/I. Vajon csak a tuberkulózis ad pozitív tesztet ezzel a primerpárral? Tovább az oldalra >>
(Ha nem működik a link akkor innen tölthető le.)

Fogalmak

(forrás: Bioinformatika gyakorlat Dr. Hegedűs Attila, egyetemi docens,teljes anyag itt v. itt tekinthető meg)

Ortológ gének: más fajokban levő, ugyanazon funkciót ellátó gén, amely a fajok egyik közös ősének génjéből vezethető le. Az ortológ gének evolúciós rokonságban vannak. Példa: az önmeddőséget okozó S-ribonukleáz gén almában és dohányban.

Paralóg gének: ugyanabban az organizmusban találhatóak, és egy közös ős-génből génduplikáció, és azt követő divergens evolúció útján alakultak ki. Többnyire különböző, de egymással összefüggésben lévő funkciójuk van. Példa: a hisztidin-bioszintézis enzimei (ill. ezek génjei) emberben (nagyon hasonló szerkezetűek, de más-más reakciót katalizálnak).

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)
Felhasználása: Ismeretlen nukleotidszekvenciához (DNS, cDNS vagy mRNS) hasonló, azzal homológ szekvenciák keresése (illesztése) az adatbázisban! A BLASTn-nel végzett keresés eredményeként olyan találatokat kapunk, amelyek az
adatbázisban található génszekvenciák közül szignifikáns hasonlóságot mutatnak az általunk megadott keresőszekvenciával.

e-érték
Az e-érték azt adja meg, hogy az egyezés (lásd BLAST) milyen valószínűséggel tekinthető a véletlen művének, és nem valamilyen evolúciós kapcsolat jelének. Minél nagyobb az e-érték, annál valószínűbb, hogy az egyezés csak a véletlen műve. A biológiai értelemben szignifikáns szekvencia-hasonlóságok esetében az e rendszerint jóval 1,0 alatt marad.

Homológia = közös evolúciós eredet (szekvenciák esetében). Nincs mértéke (nem fejezhető ki %-ban!), két szekvencia vagy homológ, vagy nem.

Analógia: közös evolúciós eredet nélküli hasonlóság.

Szekvenciák illesztése, összerendezése (Alignment)
Szekvencia-illesztés („alignment”): két vagy több nukleotid- vagy aminosav-szekvencia olyan elrendezése, amely megmutatja, hogy az összehasonlított szekvenciák hol hasonlítanak, illetve hol különböznek egymástól.

Error thrown

Call to undefined function profitmag_categorized_blog()